13 мая 1946 года Постановлением Правительства СССР были образованы предприятия для создания ракетно-космической отрасли, в том числе НИИ 885, основной задачей которого стала разработка автономных систем управления (СУ) для баллистических ракет. Главным конструктором автономных систем управления был назначен Николай Алексеевич Пилюгин.
В 1963 году на юго-западе Москвы образован специализированный научно-исследовательский институт автоматики и приборостроения - НИИ АП, где под руководством Н.А. Пилюгина создаются инерциальные СУ для ракет-носителей и космических аппаратов.
Выдающимся достижением НИИ АП, стала СУ для орбитального корабля «Буран» многоразовой космической системы «Энергия-Буран». В 80-90-е годы были созданы СУ для ракетных комплексов «Зенит-2», «Зенит-3», «Морской старт», «Протон-М», разгонных блоков «Фрегат»,«ДМ». Один из недавних проектов - ракетный комплекс «Наземный старт».
В 1992 году на базе НИИ АП и опытного завода создано НПО АП.
В 1997 году в память о крупном ученом и талантливом руководителе Николае Алексеевиче Пилюгине предприятие, которое он основал и которым бессменно руководил 36 лет, преобразовано в Научно-производственный Центр его имени.
С 2001 года предприятие носит название ФГУП «Научно-производственный центр автоматики и приборостроения имени академика Н.А. Пилюгина» (ФГУП «НПЦАП»)
В 2003 году коллектив Центра получил благодарность Президента Российской Федерации В. В. Путина за большой вклад в создание СУ ракетно-космических комплексов.
Среди тех, кто создавал сегодняшний научно-технический потенциал Центра - 10 Героев Социалистического Труда, 60 лауреатов Ленинской и Государственной премий, 14 академиков российской и международных академий, 15 профессоров, 24 доктора технических наук, более 700 орденоносцев.
В НПЦАП функционирует Музей, экспозиция которого представлена материалами о становлении и развитии Центра, основных направлениях его деятельности и важнейших достижениях в создании СУ РКТ.
В июне 2004 г. на космодроме Байконур был установлен памятник Н.А. Пилюгину. В 2006 г. открыта экспозиция НПЦАП в Музее Байконура.
Фильм телестудии Госкорпорации «Роскосмос», посвященный ФГУП «НПЦАП»